Embora microrganismos sejam geralmente considerados um risco à saúde, humanos têm uma relação simbiótica com muitos tipos de micróbios. A coleção de micróbios que vivem em ou nos humanos às vezes é chamada de "flora". Em contraste com micróbios que causam doenças, estes micróbios são essenciais para a boa saúde. "Probióticos" é o termo que se refere a micróbios "bons", e existem muitos tipos diferentes de micróbios que são bons para humanos.
Lactobacillus acidophilus é um tipo de bactéria capaz de viver em ambientes altamente ácidos e produz ácido lático como produto residual. Esta cepa de bactéria pode causar cáries dentárias, mas é inofensiva para humanos e faz parte da flora normal. É comumente obtida de produtos lácteos fermentados, como leite acidophilus adoçado e iogurte. Lactobacillus acidophilus inibe o crescimento de candida albicans, um fungo, e pode ter outros benefícios para a saúde.
Bifidobacterium bifidum é uma espécie de bactéria encontrada como parte da flora intestinal humana normal. Estas bactérias têm vários benefícios para a saúde humana, incluindo ajudar a digestão e absorção de vitaminas e minerais, prevenir o crescimento de bactérias nocivas e prevenir diarreia. Alguns tipos de antibióticos ou condições estomacais podem perturbar o equilíbrio destas bactérias no intestino, caso em que tomar suplementos contendo Bifidobacterium bifidum pode ser benéfico.
Escherichia coli, ou E. coli, é notória como doença transmitida por alimentos. No entanto, existem apenas algumas cepas que causam doença. A maioria das cepas de E. coli faz parte da flora intestinal humana normal e é benéfica, produzindo vitamina K e vitaminas do complexo B e prevenindo o crescimento de bactérias nocivas. Uma cepa particular de E. coli, E. coli Nissle 1917, é usada para tratar efetivamente doenças inflamatórias intestinais crônicas.
Saccharomyces boulardii é uma levedura, um tipo de fungo encontrado em lichias indonésias. Esta levedura é incomum pois pode sobreviver ao ácido gástrico e bile no sistema digestivo e permanecer ilesa. É primariamente usada para tratar diarreia de várias causas diferentes, mas também é usada como suplemento de vitamina B e proteína, como coadjuvante no tratamento de acne crônica e para fornecer suplementação nutricional a prematuros.