A teoria dos germes afirma que microrganismos (bactérias, vírus) causam doenças. Primeiro proposta por Girolamo Fracastoro no século 16, ganhou ampla aceitação no século 19 através do trabalho de Pasteur, Koch e outros. Esta teoria levou a medidas cruciais de saúde pública: saneamento (lavagem das mãos, fervura de água, limpeza de superfícies) e vacinação (estimulando a produção de anticorpos).
A maioria das doenças resulta de uma combinação de microrganismos, toxinas ambientais e fatores de estilo de vida—não uma única causa.