O bypass gástrico (Roux-en-Y) reduz o estômago a uma pequena bolsa e desvia a maior parte do estômago e duodeno, onde ocorre a absorção inicial de B12. Além disso, a menor ingestão alimentar e a redução do fator intrínseco (produzido no estômago) comprometem severamente a captação da vitamina.
O fígado armazena B12 por anos, mas após a cirurgia os níveis caem progressivamente. Estudos mostram que até 70% dos pacientes têm níveis baixos no primeiro ano, e 30% desenvolvem sintomas clínicos (fadiga, neuropatia, anemia, alterações cognitivas) se dependerem apenas de multivitamínicos orais.
A forma injetável ou nasal é preferida nos primeiros 6–12 meses, pois independe da absorção intestinal. Monitoramento anual de B12 sérico e ácido metilmalônico é recomendado para vida toda.