Embora seja verdade que muitas vezes parecem nojentos, assentos sanitários públicos podem ter levado uma má fama ao longo dos anos. Você é muito mais propenso a pegar germes de superfícies em banheiros públicos que foram tocadas por mãos de outros usuários, como torneiras, dispensadores de toalhas e bancadas. Ainda assim, embora seja extremamente improvável que você pegue uma doença de um assento sanitário, as chances dependem em grande medida do tipo de germes presentes.
A maioria dos vírus não consegue sobreviver fora de seus hospedeiros humanos — a exposição ao ar os mata imediatamente. Mesmo que tocassem sua pele, só podem entrar no seu corpo através de uma membrana mucosa (olhos, nariz, boca, genitais) ou um corte. Embora alguns vírus (como hepatite B, verrugas genitais ou vírus do herpes) possam viver por um curto tempo fora de seus hospedeiros, para que tal doença seja transmitida por um assento sanitário, um corte na pele teria que se alinhar exatamente com os germes — e mesmo assim o risco seria pequeno. Segundo o Centro de Controle de Doenças (CDC), há essencialmente chance zero de contrair AIDS de um assento sanitário.
Como vírus, bactérias só podem entrar no corpo através de feridas na pele ou membranas mucosas. Embora infecções bacterianas tenham sido transferidas através de toalhas compartilhadas ou banhos comunitários, as chances são muito pequenas de pegar uma infecção bacteriana de um assento sanitário. O CDC disse que sífilis não pode ser transmitida dessa forma.
É remotamente possível pegar piolhos púbicos ("chatos") de um assento sanitário, pois eles podem viver por um ou dois dias longe de um hospedeiro humano. No entanto, piolhos púbicos não voam nem andam e são incapazes de "pular" muito bem em uma superfície plástica lisa como um assento sanitário. Além disso, quaisquer piolhos que tenham caído de seus hospedeiros originais provavelmente já estão morrendo.
Também houve casos de dermatite de assento sanitário (irritação e erupção) em crianças causadas por contato com produtos de limpeza agressivos em assentos plásticos ou tinta/verniz em assentos de madeira. Usar barreiras como os anéis de papel encontrados em muitos banheiros públicos pode ser alguma proteção, mas apenas se o assento estiver seco. Se a superfície estiver molhada, o papel absorverá essa umidade (e quaisquer germes) diretamente para a pele.