Quando a maioria pensa em poluentes da água, pensa em químicos tóxicos e lodo. Ainda poluentes não tóxicos podem ter efeitos negativos e ser prejudiciais. Duas categorias principais: orgânicos e inorgânicos. Exemplos de orgânicos: esgoto, fertilizantes, escoamento e materiais orgânicos como aparas de grama. Inorgânicos: petróleo, químicos, materiais radioativos, lodo, calor e metais. Poluentes encontrados em algum grau em quase todo corpo d'água afetado por humanos.
Encontrados em esgoto, fertilizantes, detergentes e escoamento, levam ao crescimento de algas e plantas aquáticas. Estes organismos entopem vias d'água, consomem oxigênio e bloqueiam luz. Peixes e outra vida aquática sufocam e morrem, afetando negativamente cadeia alimentar. Lodo tem efeito negativo similar. Calor, subproduto de fábricas e usinas, também mata vida aquática elevando temperaturas a níveis inóspitos.
Escoamento agrícola, esgoto não tratado ou mal tratado, água de drenagem pluvial e escoamento de fossas sépticas abrigam patógenos. Bactérias e vírus prejudiciais causam doenças como febre tifoide, disenteria, hepatite A, cólera, doenças de pele e gastrointestinais. Existem também doenças de veiculação hídrica que infectam animais e afetam negativamente cadeia alimentar, mesmo sem prejudicar humanos diretamente.
Derrames de petróleo forma não incomum de poluição. Petróleo rotineiramente derramado em perfuração offshore, refino e transporte. Petróleo reveste e mata aves e vida marinha, sufoca vida aquática. Também risco de incêndio.
De usinas nucleares, mineração, refinarias e outras indústrias têm efeitos tóxicos e cancerígenos em humanos e animais. Muitos metais, como mercúrio, armazenam-se em tecidos gordurosos de peixes e vida marinha, comidos em níveis concentrados por humanos. Muitos efeitos de longo prazo destes metais e elementos radioativos não totalmente compreendidos.
Usados para matar insetos e ervas daninhas, ingrediente padrão em escoamento agrícola. Pesticidas como DDT banidos por causar defeitos congênitos fatais em animais que comem peixes de águas envenenadas, como águias e aves de rapina. DDT causa afinamento de cascas de ovos de aves de rapina, impedindo incubação e eclosão. Outros pesticidas danificam DNA e causam mutações genéticas em animais e potencialmente humanos, em doses altas. Alguns pesticidas em água em concentrações altas matam bactérias e insetos benéficos no solo, reduzindo produtividade.