Num ecossistema oceânico, tudo é interdependente. Microorganismos são o início de uma cadeia alimentar complexa que leva até à baleia azul, o maior animal do planeta. Rochas, plantas, correntes e temperatura da água são partes críticas de diferentes habitats que sustentam todas as formas de vida oceânica. Muitos fatores podem afetar um ecossistema oceânico; no entanto, as mudanças maiores e mais prejudiciais resultam da atividade humana.
Emissões de dióxido de carbono, que causam um aumento lento e gradual das temperaturas terrestres, também afetam a vida oceânica. Os oceanos absorvem grande quantidade de CO2 da Terra e, como resultado, a acidez da água aumentou ao longo do tempo. A maior acidificação compromete a capacidade de muitos animais marinhos que usam carbonato de cálcio para formar conchas protetoras, o que por sua vez causa disrupção na cadeia alimentar. Alguns cientistas também acreditam que a subida do nível do mar com o aumento de temperaturas desloca correntes que contêm vida vegetal e animal flutuante que animais maiores usam como alimento. Novamente, essa mudança tem potencial para desestabilizar a cadeia alimentar.
Comunidades costeiras usam há muito os oceanos como lixeiras para todo o tipo de resíduos. Parte desta poluição, como toxinas da indústria pesada, matou diretamente plantas e animais do ecossistema marinho. Outros poluentes, como escoamento de quintas e lares, introduzem fertilizantes químicos na água que criam florações de algas na superfície. Grandes extensões de algas esgotam o oxigénio na água, bloqueiam a luz solar à vida em níveis mais profundos, e podem libertar toxinas que envenenam peixes.
A pesca comercial visa certas espécies para consumo humano. Como resultado da sobrepesca, alguns stocks de peixes foram enfraquecidos ou esgotados, causando disrupção na cadeia alimentar que afeta todos os estratos do ecossistema. Diferentes tipos de artes de pesca, como redes de arrasto de fundo arrastadas pelo leito oceânico, também perturbam e danificam habitats críticos.
A perfuração offshore de petróleo e gás natural traz risco inerente de acidentes e derrames com efeitos potencialmente devastadores no ecossistema oceânico. Além dessas ameaças, plataformas criam frequentemente campos de resíduos incluindo lubrificantes e fluidos usados nas perfurações, químicos anticorrosivos, lixívia e outros produtos de limpeza químicos. Resíduos sólidos como ferramentas, tubos, canos e plásticos também são encontrados na água em redor das plataformas. Estes tipos de poluição afetam a vida marinha e desequilibram o ecossistema circundante.
O aumento do tráfego de barcos e navios e uso industrial do oceano aumentaram o nível de ruído na água. Estudos mostram que ruído acrescido afeta diferentes espécies de vida marinha de várias formas — desde causar confusão e desorientação em golfinhos e baleias a inibir crescimento e reprodução de animais menores. Essas mudanças afetam o equilíbrio geral das inter-relações num ecossistema oceânico.