O objetivo da cromatografia iônica (CI) é separar uma amostra de água em picos individuais em uma banda. Cada pico representa um íon, e a área desse pico representa a concentração. Íons tipicamente determinados em CI incluem ânions (fluoreto, cloreto e brometo), cátions (sódio, potássio e cálcio) e ácidos orgânicos (húmico, oxálico e acético).
A cromatografia iônica mede concentrações de diferentes compostos ou elementos encontrados na água. Cada íon é individualmente extraído por um eluente, um líquido que absorve íons, e separado através de uma coluna revestida com resina. O tempo que leva para o íon aparecer como um pico em uma banda determina qual é esse íon.
Existem centenas de diferentes tipos de aplicações para cromatografia iônica sendo desenvolvidas todos os dias para serem usadas nas indústrias ambiental, manufatura e alimentícia. Água potável e residual são algumas aplicações para CI usadas em laboratórios ambientais, enquanto a indústria alimentícia a utiliza para produção de vinho ou leite. Outras aplicações incluem detecção de explosivos, pesticidas e metais.
Operar um sistema de cromatografia iônica pode ser comparado a um sistema de home theater de elite. Há um sistema principal onde a separação ocorre (TV), um amostrador automático para colocar amostras (leitor de DVD) e um computador que controla todo o sistema (controle remoto). A quantidade de tempo para cada amostra determina qual aplicação e eluente está sendo usado. Ânions podem levar até 30 minutos por amostra, enquanto cátions podem levar cerca de 15 minutos por amostra.