O custo energético para obter hidrogénio é maior que a produção energética do hidrogénio recolhido. Embora esperado na conversão de energia, a diferença entre os dois níveis de energia ainda é demasiado alta para tornar esta uma opção viável. Cientistas examinam o uso de energia geotérmica e outras fontes renováveis para conter esta perda de energia e, se aperfeiçoado, isso poderia tornar esta perda de energia aceitável. O valor destas fontes renováveis é que a energia é muito mais barata que a de fontes não renováveis. Esta redução de custo ajuda a reduzir a significância do custo energético elevado para obter o hidrogénio.
Protótipos atuais de hidrogénio são incapazes de produzir energia suficiente para manter um motor de carro por tempo suficiente para ser viável. Embora estes protótipos estejam a melhorar, precisarão de sustentar energia por até cinco vezes o seu limite atual ou produzir cinco vezes mais energia. Esta é principalmente uma questão de consumidor. As pessoas não estão dispostas a recarregar uma célula de hidrogénio cinco vezes mais frequentemente que o depósito de gasolina pagando o mesmo ou mais por cada viagem à estação.
O hidrogénio é altamente combustível e perigoso se armazenado descuidadamente; no entanto, técnicas de armazenamento como células de combustível de hidrogénio são na verdade mais seguras que o armazenamento de gasolina. A verdadeira desvantagem é que os consumidores geralmente desconhecem este facto. Educar as pessoas sobre a segurança do uso de hidrogénio é necessário para superar esta desvantagem, mas isso também significa que garantir armazenamento e uso seguro de hidrogénio é vital para a confiança do consumidor.
Designs de carros não incluem o uso de células de combustível de hidrogénio. Converter automóveis é caro, assim como comprar células de combustível. Do ponto de vista do consumidor, as vantagens de mudar para hidrogénio devem superar a despesa. A desvantagem é que, do ponto de vista económico, este caso é impossível até a ciência superar o custo. Provar uma redução de custo a longo prazo poderia levar consumidores a esta opção ao comprar carros novos; no entanto, a tecnologia teria de diminuir significativamente de custo antes de ser uma opção realista para automóveis em serviço.