Bacia hidrográfica do Rio Savannah estende-se dos Apalaches ao Atlântico, mas bacia do baixo Rio Savannah começa no Condado de Allendale na Carolina do Sul. Atividade humana reduziu tamanho da bacia e ameaçou ou colocou em perigo espécies que vivem nela. Avaliação de maio de 2010 pelo Serviço de Conservação de Recursos Naturais nota 38 plantas e 26 animais listados como ameaçados, em perigo ou candidatos a listagem.
Congresso autorizou estudo do Corpo de Engenheiros do Exército na bacia do baixo Rio Savannah no início dos anos 1990 para encontrar forma de restaurar bacia. Como resultado, há espécies em recuperação, entre elas falcão-peregrino do Ártico, águia-careca e pelicano-marrom. No entanto, há outras candidatas a listagem, incluindo maçarico-vermelho. Objetivos do estudo eram encontrar formas de restaurar habitat de desova de pesqueiros importantes, restaurar fluxo para zonas úmidas e restaurar qualidade ambiental de toda bacia. Isso seria feito sem afetar navegabilidade do rio.
Além da atividade humana que reduz tamanho da bacia do baixo Savannah, há atividades que poluem a área. Avisos de mercúrio foram emitidos para 57 corpos d'água na Carolina do Sul em 2005. Mercúrio é perigo para bacias próximas e monitorado na bacia baixa desde meados dos anos 1990. Salamandra-de-madeira-geada (ameaçada) e esturjão-de-focinho-curto (em perigo) vivem na bacia baixa. Mercúrio é ameaça séria para tartarugas marinhas também. Tartarugas-de-pente, de-kemp e de-couro estão em perigo na região inferior enquanto tartaruga-cabeçuda e verde estão ameaçadas.
Aves e mamíferos na bacia do baixo Rio Savannah estão sendo espremidos de seus habitats por atividades humanas que invadem cada vez mais a bacia. Espécies tornam-se ameaçadas ou em perigo por espécies invasoras ou caça furtiva, mas degradação de habitat é o problema na bacia baixa. Espécies de aves em perigo na bacia baixa incluem mariquita-de-kirtland, pica-pau-de-cabeça-vermelha e jabiru. Lobo-vermelho e peixe-boi-das-antilhas também estão em perigo. Maçarico-de-coleira está listado como ameaçado.
Espécies de peixes e vida selvagem na bacia do baixo Rio Savannah dependem de espécies de plantas para completar seu habitat. 86% da terra na região baixa é úmida demais para uso agrícola imediato. Apesar disso, há espécies de plantas em perigo: semente-de-palha-americana, dropwort-de-canby, pondberry e coneflower-liso.