O gás natural queima mais limpo do que outros combustíveis fósseis, como carvão. Embora mais limpo, não é 100% limpo. É composto principalmente de metano, com alguns outros gases traço, incluindo propano. O gás natural tem vários aspectos negativos em todas as etapas de seu uso, desde a perfuração de poços até o transporte por dutos e finalmente quando é queimado para energia.
Quando o gás natural é queimado, produz dióxido de carbono. A Associação de Fornecimento de Gás Natural aponta que 117.000 libras de dióxido de carbono são produzidas para cada bilhão de BTU (Unidade Térmica Britânica, uma medida de capacidade de aquecimento) queimado. O dióxido de carbono retém calor na atmosfera superior e, portanto, é chamado de gás de efeito estufa. Em 2011, o gás dióxido de carbono era uma das principais razões para o aquecimento global, segundo a Associação de Fornecimento de Gás Natural.
Gás natural naturalmente ocorrente vaza do fundo do oceano, às vezes intensamente. Isso perturba a vida marinha, segundo Stanislav Patin. Os efeitos são comportamentais, como excitação aumentada. Exposição adicional em alto nível leva à morte de peixes por envenenamento. O Sr. Patin também observa que muitos dutos de gás correm debaixo d'água. Se esses dutos vazarem ou romperem, o dano será excessivo.
A perfuração para gás natural também perturba o ambiente terrestre. Uma equipe de pesquisadores canadenses detalhou o impacto em um relatório sobre atividade de perfuração canadense em Alberta de 1997 a 2007. Os pesquisadores descobriram que o aumento do tráfego e outras atividades de perfuração geraram ruído e perturbavam populações de aves. Duas espécies de aves, Pipit de Sprague e Pardal de Baird, diminuíram em número, enquanto o Pardal da Pradaria aumentou. Os pesquisadores afirmaram que, no geral, os efeitos ao ambiente foram negativos.
O gás natural passa por milhares de quilômetros de dutos. Esses canos, com o tempo, corroem e enfraquecem. Se um duto romper, a possibilidade é grande de que o gás exploda. A Organização Natural Gas Watch afirmou que de 2006 a 2011, canos corroídos ou rachados contribuíram para explosões em Massachusetts. Em Carlsbad, Novo México, uma explosão em 2000 matou 12 pessoas, conforme relatado pelo Projeto de Gestão de Energia Suburbana. Embora as empresas de dutos monitorem os canos de perto, canos corroídos e erro humano ocorrem. Ter linhas de gás inflamável passando por áreas populosas cria um perigo para a população em geral se os canos não forem cuidados.