Decompositores são parte integral de qualquer ecossistema saudável, decompondo matéria vegetal e animal e liberando nutrientes mais simples que podem ser usados como energia por outras criaturas. Ecossistemas subaquáticos não são diferentes e apresentam vários tipos de decompositores que também aparecem em terra.
Como em terra, bactérias são um dos decompositores mais prevalentes em qualquer ecossistema subaquático. A qualquer momento, bactérias cobrem tudo em ambiente marinho. Assim, assim que uma planta ou animal morre, bactérias são frequentemente os primeiros decompositores a trabalhar transformando matéria orgânica nos nutrientes que outras criaturas marinhas dependem. Bactérias são "microdecompositores", impossíveis de ver a olho nu.
Outro decompositor encontrado subaquático e em terra, fungos variam de microdecompositores a cogumelos maiores que pequenos mamíferos. Subaquáticos, fungos são tipicamente microscópicos, mas ao começarem a decompor planta ou animal, crescem uma camada gelatinosa visível e espessa ao redor da matéria orgânica. Muito semelhante às camadas de mofo que crescem em matéria em decomposição em terra.
Ecossistemas subaquáticos também contêm vermes que atuam como decompositores. Como seus equivalentes terrestres, muitos se enterram sob a superfície do leito subaquático enquanto se movem lentamente, limpando detritos (resíduos) e matéria orgânica restante, transformando em algo que outras plantas e animais podem usar. Vermes marinhos são maiores que bactérias ou fungos e considerados macrodecompositores. Podem ser vibrantes e coloridos, o que incentiva alguns donos de aquários a mantê-los como animais úteis que ajudam a manter aquários limpos.
Ouriços-do-mar, estrelas-do-mar e pepinos-do-mar são equinodermos encontrados exclusivamente em ecossistemas marinhos. Estes invertebrados coloridos, frequentemente simétricos, são onívoros porque comem outros animais e plantas. Ainda, equinodermos também se alimentam e processam a espessa película de matéria orgânica que reveste formações rochosas subaquáticas, tornando-os também macrodecompositores que ajudam a sustentar ecossistemas subaquáticos.