Enquanto organismos complexos usam respiração aeróbia, alguns microrganismos decompõem matéria orgânica sem qualquer oxigênio. Isso é útil: produzem metano e decompõem materiais onde não há oxigênio, como em águas estagnadas.
"Anaeróbio" refere-se a processo sem oxigênio. Materiais orgânicos que se decompõem sem oxigênio levam à fermentação — quebra de matéria orgânica por organismos anaeróbios vivos. Usam fósforo, nitrogênio e outros nutrientes para desenvolver protoplasma. Diferente de bactérias aeróbias, anaeróbias transformam nitrogênio orgânico em ácidos e amônia. Liberam carbono como metano (CH₄); pequena parte como CO₂.
Pântanos contêm muito metano devido à fermentação anaeróbia. Quando a matéria se decompõe por putrefação, odores indesejáveis aparecem (sulfeto de hidrogênio e compostos orgânicos com enxofre, como mercaptanas). Material orgânico decomposto anaerobicamente torna-se húmus.
Material importante para jardinagem e agricultura. Sofre pequena oxidação, que não afeta negativamente sua utilidade. A matéria orgânica contém tanta energia que a decomposição anaeróbia pode gerar calor. O calor do processo aeróbio às vezes mata patógenos; o anaeróbio geralmente não esquenta o suficiente. Porém, patógenos frequentemente deixam o ambiente por ser inadequado ao seu crescimento e ter antagonistas biológicos.
Compostagem anaeróbia ocorre onde há muita umidade, pois esta age como barreira impedindo entrada de oxigênio. Quem faz compostagem anaeróbia pode notar odores desagradáveis, mas submergir o material em água faz os gases dissolvidos entrarem na atmosfera mais lentamente, reduzindo cheiros.