Prontuários Médicos Eletrônicos, chamados EMRs, constituem um sistema baseado em computador para registrar, entregar e gerenciar dados pessoais dos pacientes. Prontuários de pacientes baseados em computador (CPRs) incluem qualquer informação coletada em consultas médicas, incluindo exames físicos, histórico médico, testes laboratoriais, medicamentos prescritos, quaisquer encaminhamentos feitos e procedimentos realizados no consultório, hospitais, clínicas ou consultórios ambulatoriais. Informações laboratoriais — incluindo biópsias, imagens, testes de espécimes e procedimentos eletrofisiológicos — são listadas no registro. Procedimentos de terapia também são listados no EMR. Médicos individuais coletam informações médicas, e quando o cuidado do paciente é transferido para um novo consultório, o consultório ou o paciente deve mover fisicamente cópias dos registros para o novo consultório. Lawrence L. Weed, M.D., é creditado por primeiro descrever o método EMR na literatura médica.
As vantagens de usar um sistema EMR padronizado incluem padronização de termos para procedimentos, estabelecimento de um padrão para semântica biomédica e uso generalizado do Código Nacional de Drogas (NDC). O sistema EMR, construído com salvaguardas de privacidade estabelecidas pela Lei de Portabilidade e Responsabilidade de Seguro de Saúde de 1996 (HIPAA), permite que registros de pacientes sejam movidos rapidamente para cuidados e tratamento médicos. Registros também podem ser sinalizados para lembretes de testes e cuidados.
O sistema PROMIS da Universidade de Vermont, desenvolvido por Weed e colaboradores, organizou um sistema automatizado de prontuário médico. A Avaliação de Saúde através de Processamento Lógico (HELP), um sistema EMR inicial, foi usado no Hospital Latter Day Saints em Utah, também em 1967. Expandiu para servir 10 Hospitais Intermountain Healthcare até 1990. Tanto o Sistema de Testes de Saúde Multifásicos (MHTS) quanto Registros Ambulatoriais Armazenados em Computador (COSTAR) foram pilotados em 1968. MHTS foi usado até 1973 na Kaiser Permanente em São Francisco e COSTAR no Hospital Geral de Massachusetts em Boston até o final dos anos 1980. O programa EMR Regenstrief foi introduzido em 1973 em Indiana, e ainda está em uso hoje.
O primeiro grande impulso para organizar informação do paciente foi feito em 1969 com o Prontuário Médico Orientado a Problemas, usando a chamada estrutura SOAP que incluía informação sobre o sujeito, o objetivo médico, a avaliação e um plano para o paciente. Isso não foi amplamente adotado, e alguns profissionais menosprezaram o sistema como incompatível com suas práticas de consultório.
Enquanto a maioria dos consultórios médicos continua a armazenar informação de pacientes em papel em grandes "Bibliotecas de Prontuários" onde prontuários são arquivados alfabeticamente, a imagem médica fez algumas melhorias tecnológicas. O sistema LanVision cataloga imagens diagnósticas que podem ser transferidas facilmente de consultório para consultório no sistema. Os principais componentes de EMR usados em hospitais incluem faturamento de pacientes, unidades de Terapia Intensiva e Emergência, registros de farmacologia, radiologia, patologia, laboratório, admissão, alta e transferência, agendamento, e o Índice Mestre de Pacientes (MPI).
O governo federal estabeleceu um prazo para um sistema de prontuário de paciente computadorizado para 1999, mas esse prazo foi abandonado quando grupos se opuseram à computadorização por motivos de privacidade do paciente. Oponentes também citaram a incapacidade de programas de integrar imagens, textos e números, mas novos programas de computador incorporam facilmente todos esses fatores. A despesa de transferir registros anteriores e comprar equipamentos ainda é citada como um impedimento ao uso de EMR, mas custos de equipamentos caíram, e a partir de 2009, o governo federal está considerando auxiliar com financiamento. O Presidente Obama caracterizou um sistema EMR nacional como uma meta de sua administração, e fez um compromisso em 2009 de que registros serão universalmente registrados eletronicamente até 2014.