Práticas baseadas em evidências são protocolos estabelecidos pela pesquisa de resultados entre grupos de teste e pela determinação da melhor solução geral. Essas práticas tornam-se um padrão de cuidado em muitas instalações médicas, pois há um caminho claro de tratamento e um histórico de resultados positivos. Embora a teoria faça sentido, sempre há desvantagens em qualquer protocolo. Muitas desvantagens decorrem do fato de que todos os seres humanos são diferentes, mas outras vêm dos longos processos envolvidos em efetuar mudanças ou criar protocolos.
À medida que a medicina avança, as práticas baseadas em evidências levam um tempo significativo para mudar. Isso deixa protocolos desatualizados em vigor em vez de tratamentos potencialmente mais válidos. Realizar um ensaio clínico leva tempo. É necessário estudar um grupo de pessoas por um período significativo para determinar a eficácia de qualquer tratamento. Além disso, o tempo para encontrar o grupo de teste pode ser extenso. Some-se a isso taxas de mortalidade, processos de relatórios e dificuldades de comunicação, e o dinheiro e o tempo envolvidos em encontrar uma solução baseada em evidências começam a aumentar. À medida que o ensaio clínico continua, mudanças constantes são feitas no protocolo, limitando médicos e alterando a categorização de pacientes elegíveis. Isso pode eliminar pessoas do ensaio que ainda poderiam se beneficiar da prática, mas não têm mais acesso.
A negligência emocional e a falha em considerar as necessidades de pacientes individuais conflitam diretamente com o juramento de Hipócrates feito por todos os médicos praticantes. Segundo a Dra. Jozien Bensing, práticas baseadas em evidências podem fazer com que médicos negligenciem a individualidade do paciente. Os protocolos atuais não oferecem aos pacientes acesso ao melhor tratamento se ele ainda não foi "comprovado". Alguns médicos, adeptos da "medicina centrada no paciente", acham que o paciente deve escolher seu tratamento. Além disso, durante o processo de teste, alguns sujeitos são privados de tratamento para formar um grupo controle, que não recebe tratamento ou recebe apenas o tratamento "antigo". Enquanto a evidência é coletada, outros pacientes devem suportar o protocolo atual, que provavelmente é menos eficaz que as novas soluções testadas. Embora o objetivo geral seja a segurança de todos, isso prolonga a dor de muitos.
As seguradoras tornaram-se fortemente envolvidas com práticas baseadas em evidências. É uma forma de a empresa saber quanto o tratamento vai custar e a probabilidade de sucesso. Isso também dá à seguradora uma "saída" para procedimentos questionáveis ou novos. Frequentemente, o seguro só paga pelo padrão de cuidado atual. Isso nega acesso a pacientes que não podem pagar o tratamento. As seguradoras forçam os médicos a manter os métodos atuais em vez de dar-lhes a liberdade de tentar coisas novas que atualmente carecem de "evidência" de eficácia, impedindo-os de encontrar soluções individuais para pacientes que não respondem ao protocolo atual.
Para proteger a licença do hospital, a maioria das instalações formula um padrão de prática baseado em soluções atuais baseadas em evidências. Esses padrões funcionam bem para a maioria, mas impedem profissionais médicos de criar soluções criativas para pacientes únicos. Todos os pacientes se apresentam e respondem de forma diferente. Ao vincular todos os pacientes às mesmas intervenções, o cuidado pessoal que um médico pode oferecer é limitado. Isso também influencia a escala de pagamento do seguro e a proteção do negócio em vez do indivíduo. Médicos dificilmente assumem riscos em técnicas não comprovadas por medo de serem processados ou perderem a licença. Essas práticas não testadas poderiam potencialmente melhorar a vida do paciente, mas ninguém está disposto a tentar por medo de represálias.