A respiração é controlada automaticamente pelo tronco encefálico — especificamente a medula oblongata e a pons — que abrigam os centros respiratórios. Estes centros:
Embora o sistema nervoso autônomo module a respiração (por exemplo, durante o estresse), o controle automático primário reside no tronco encefálico, não no sistema nervoso superior. Os pulmões são estruturas passivas que respondem a mudanças de pressão criadas pelos músculos respiratórios.