Pacientes que tratam Lyme em estágios iniciais com antibióticos geralmente recuperam-se rápida e completamente. Antibióticos como doxiciclina ou amoxicilina por via oral por algumas semanas curam a infecção. Após o ciclo, podem ainda sentir cansaço e dores por alguns meses durante a recuperação.
Pacientes não diagnosticados ou não tratados até estágios avançados podem continuar a recair. Sintomas persistentes: dor muscular e articular, artrite, dificuldade para dormir e defeitos cognitivos. Como é difícil diagnosticar, recaída pode ser atribuída a outro distúrbio. Se tiver sintomas como dor de cabeça, rigidez no pescoço, febre e leve paralisia facial, seu médico deve fazer exames de sangue para diagnosticar ou descartar recaída.
Estudos do Dr. Robert Nadelman mostraram que muitos pacientes acreditam estar recaindo quando na verdade têm nova infecção. A maioria dos que sofrem "recaída" vive em áreas muito arborizadas, aumentando chance de nova picada.