O suco gástrico contém pepsina, uma enzima protease que inicia a digestão de proteínas no estômago. A pepsina é secretada como pepsinogênio inativo pelas células principais e ativada pelo ácido clorídrico (HCl).
A pepsina trabalha junto com o HCl (que desnatura proteínas, expondo locais de clivagem) e a lipase gástrica (digestão de gordura menor). O quiMO resultante passa para o intestino delgado onde proteases pancreáticas (tripsina, quimiotripsina) e enzimas de borda em escova completam a digestão de proteínas em aminoácidos absorvíveis.