Como o estudo dos probióticos ainda é jovem, as alegações de marketing das empresas de suplementos superaram em muito a taxa na qual esses produtos são testados. Os consumidores podem achar as informações disponíveis confusas. Por exemplo, um especialista afirma que o ácido estomacal mata 99,9% dos lactobacilos e bifidobactérias, que são probióticos encontrados no iogurte. Outro diz que esses probióticos estão entre os poucos que sobrevivem ao estômago. Então, um estudo da UCSF descobre que probióticos nem precisam estar vivos para ter efeito, pois têm um papel imunoestimulativo (como vírus mortos usados em vacinas).
Como outro exemplo, um especialista argumenta que os probióticos precisam de um revestimento protetor antes de serem ingeridos. Outro alega que isso poderia matar as bactérias, enquanto um terceiro diz que nenhum revestimento é necessário. "Não sei como dizer aos consumidores como separar o joio do trigo", diz Mary Ellen Sanders, diretora executiva da Associação Científica Internacional de Probióticos e Prebióticos, conforme relatado no Los Angeles Times.
O Centro Nacional de Medicina Complementar e Alternativa (NCCAM) patrocinou um colóquio em novembro de 2005. As descobertas foram mistas. O maior apoio à eficácia dos probióticos foi no tratamento de diarreia, especialmente se causada por rotavírus, a principal causa de diarreia infantil.
O simpósio também descobriu que os probióticos podem prevenir e tratar infecções do trato urinário. Eles também parecem reduzir a recorrência de câncer de bexiga e fornecer tratamento eficaz para a síndrome do intestino irritável (SII), um dos usos mais comuns de probióticos. Evidências sugerem que os probióticos podem encurtar uma infecção intestinal causada pela bactéria Clostridium difficile, e prevenir e tratar pouchite (condição que pode seguir cirurgia para remoção do cólon) e dermatite atópica (eczema) em crianças.
O painel da conferência descobriu, no entanto, que, apesar das evidências encorajadoras em certas aplicações, os benefícios dos probióticos eram geralmente baixos. Eles também observaram que muito do sucesso percebido derivava de um forte efeito placebo.
Muitas lacunas na pesquisa foram apontadas como alvos para estudos futuros, como o processo molecular pelo qual os probióticos fazem efeito. O painel também identificou a necessidade de estudos maiores e mais bem controlados. Além disso, doses adequadas devem ser estabelecidas para que sobrevivam ao ácido estomacal sem serem tóxicas. Cronogramas também precisam ser estabelecidos; por exemplo, para contabilizar a interação com alimentos e o mérito de um estômago vazio para evitar o ácido estomacal.
A SII tem muitas causas, mas um tema comum é que os alimentos não são totalmente digeridos, dando às bactérias produtoras de gás no intestino mais alimento próprio. Embora adicionar bactérias amigáveis possa ajudar a expulsar as bactérias ruins, uma solução mais eficaz pode ser garantir que os alimentos sejam devidamente digeridos. Isso inclui eliminar alimentos aos quais se é alérgico e combinar alimentos digeridos em certos níveis de pH. Por exemplo, carnes e vegetais fibrosos não devem ser consumidos com vegetais amiláceos e grãos, e frutas devem ser consumidas separadamente. A água deve ser consumida principalmente entre as refeições para evitar diluir o ácido estomacal. Às vezes, produtos insuficientemente testados fornecem um substituto inadequado para bons hábitos.