O desbridamento cirúrgico é realizado por um médico habilidoso usando bisturis, fórceps, tesouras e outros instrumentos esterilizados. Antes de iniciar o procedimento, a pele ao redor da ferida é limpa e desinfetada. O cirurgião primeiro sonda a ferida com instrumento metálico para estabelecer sua profundidade exata e depois corta lentamente o tecido morto. Uma vez concluído, a área será irrigada ou lavada para remover qualquer tecido remanescente que possa estar flutuando livremente na ferida.
Remover o espaço morto criado pela remoção de tecido morto é parte importante do regime de tratamento para pacientes com osteomielite após desbridamento cirúrgico. Existem várias maneiras pelas quais médicos podem preencher o espaço morto criado pelo desbridamento para pacientes com osteomielite: mioplastia, forma de cirurgia plástica envolvendo tecido muscular; transferência de tecido livre, que envolve movimento de tecido cutâneo de uma área do corpo para outra; ou esferas feitas de cimento ósseo preenchidas com antibióticos potentes.
Quando a osteomielite é diagnosticada em estágios iniciais, o tratamento preferido é terapia antibiótica. Se a ferida infecciosa não responder aos antibióticos em tempo hábil, o desbridamento cirúrgico é considerado como opção antes de considerar amputação.