A radiação produzida por lâmpadas UV especiais torna vírus, bactérias e parasitas nocivos inativos. A luz UV literalmente penetra as paredes celulares dos microrganismos e os mata ou inativa. No entanto, as características químicas e microbianas da água contribuem para as desvantagens e limitações da desinfecção de água por UV. Por exemplo, sólidos em suspensão e materiais solúveis reduzem o desempenho da radiação UV.
Sistemas UV são eficazes apenas quando doses de energia destroem vírus e bactérias. O cálcio tem impacto tremendamente negativo na absorção UV. Se o organismo não absorver totalmente a radiação, danificar seu material genético sozinho não interromperá sua atividade. O tipo de microrganismo e distância da fonte de luz também são variáveis que exigem desinfecção contínua. Portanto, o uso de duas unidades UV protege melhor a confiabilidade deste método em ocasiões em que a manutenção do sistema é necessária.
A Agricultura e Agroalimentar Canadá relata a importância de sólidos em suspensão permanecerem abaixo de 10 mg por litro. Se a contagem for maior, as quantidades excessivas de sólidos podem proteger microrganismos do impacto danoso da exposição à radiação UV. Os microrganismos causadores de doenças estarão livres para passar pelo sistema ativos e nocivos. A matéria inorgânica e sujidades que criam sólidos dissolvidos podem produzir um efeito de proteção similar impedindo a penetração da luz UV. Consequentemente, recomenda-se que sólidos dissolvidos totais permaneçam abaixo de 800 a 1000 mg por litro.
Resíduo desinfetante previne contaminação quando a água está em armazenamento. Resíduo desinfetante também é necessário para reduzir o risco de recontaminação durante distribuição por tubulações. O processo de desinfecção UV não produz resíduo desinfetante.
O Centro Nacional de Informação sobre Água Potável chama atenção para a falta de um meio padrão para certificar a eficácia do equipamento antes ou depois da instalação. Também constatam que não existem mecanismos padronizados para medir calibração.
A falta de resíduo desinfetante na desinfecção UV de água requer a compra de desinfetantes secundários. Substituição de lâmpadas UV anualmente, ou quando sua luz diminui para 70% de eficiência, é uma despesa adicional. A desinfecção UV demanda grandes quantidades de energia elétrica, aumentando custos também.
O processo de desinfecção UV depende de energia elétrica. No caso de queda de energia, sistemas de desinfecção UV devem interromper o fluxo de água ou empregar um método alternativo de desinfecção. Sistemas de fluxo por gravidade são particularmente vulneráveis. Sistemas dependentes de bombas elétricas são menos vulneráveis porque desligam quando a energia acaba.