Desde os antigos boticários da Babilónia até às modernas cadeias de farmácias, a prática farmacêutica evoluiu por várias etapas. Originalmente combinada com religião e medicina, a farmácia acabou por perder a ligação inicial com o sobrenatural, separando-se da prática médica geral para se tornar disciplina própria.
Homens primitivos usavam ervas medicinais na Idade da Pedra, provavelmente por tentativa e erro. Na Babilónia antiga, o boticário desempenhava funções de sacerdote, médico e farmacêutico. Lenda chinesa atribui descoberta da medicina ao mítico Shen Nung.
Galeno ensinou farmácia e medicina em Roma entre 130-200 d.C., e as suas teorias prevaleceram por séculos. Por volta de 300 d.C., Damião, o boticário, separou a prática farmacêutica da médica. Séculos depois, a Society of Apothecaries of London separou-se da Grocers' Guild e estabeleceu a farmácia como ofício independente.
As primeiras lojas de boticário surgiram no mundo árabe antigo. Tal como farmácias modernas, vendiam variedade de produtos além de medicamentos, incluindo vinho e perfume. As primeiras lojas europeias abriram no século XVII. A primeira drogaria na América do Norte foi em Fredericksburg, Virgínia, com a esposa de George Washington entre clientes. A primeira farmácia americana com farmacêutico registado abriu em Nova Orleães em 1823.
Drogarias antigas fabricavam os próprios medicamentos no local — "patent medicines". No início do século XX, fabricantes descobriram como separar ingredientes ativos das plantas. Isso permitiu fabricar fármacos e oferecê-los a farmacêuticos para venda. Nos anos 1940, abriram as primeiras cadeias de farmácias, nascendo a farmácia moderna.