Fosfatase alcalina (AP) é enzima primária no Western blot. Tem tempo de reação linear → vantagem de detecção. Quanto mais tempo, mais preciso. Porém, período longo capta outros compostos e "ruído de fundo", distorcendo resultado.
Trabalhadores consideram HRP superior à AP: menor tamanho, alta taxa de atividade, compatibilidade com membrana, confiabilidade, preço baixo, ampla disponibilidade.
Melhores para visualizar reação membrana-sangue-enzima. Menos sensíveis que outros; tendem a desaparecer conforme blot seca. Mas para confirmação visual rápida, são eficazes.
Requerem reação constante. Se enzima para ou substrato esgota, resultado perdido. Em teste ótimo, resultado disponível em 1-24h. Usam equipamento de imagem digital ou raio-X para ver resultado (olho nu não detecta).
Se não usam enzimas/substratos, utilizam anticorpos conjugados a fluoróforos. Exige menos passos mas equipamento especial. Necessita fonte de luz de excitação para reação na membrana. Fluoróforos e equipamento caros, mas permite múltiplos fluoróforos no mesmo experimento.