Uso de metanfetamina tem muitos efeitos psicológicos e fisiológicos de longo prazo. Muitos ainda sendo estudados. Embora cada pessoa seja diferente, vários efeitos são comuns entre usuários crônicos. Infelizmente, muitos são irreversíveis.
Uso prolongado leva a "boca de met". Metanfetamina mancha esmalte se fumada, mas necessidade secundária de açúcar é culpada pela cárie rampante. Usuários consomem grandes quantidades de refrigerantes açucarados sob efeito e não mantêm higiene dental adequada. Usuários crônicos exibem cárie extrema; com o tempo, todos os dentes podem ser afetados.
Metanfetamina causa sensação de insetos rastejando sob a pele (formicação). Presente em qualquer parte, mas intensa no rosto e braços. Leva usuário a cutucar pele, ferindo-se. Crostas não cicatrizam bem (parcialmente pela droga) e cicatrizes são comuns. Além disso, uso altera química corporal, aumentando acne, que também deixa cicatrizes.
Mudanças cerebrais ainda em estudo, mas uso prolongado parece causar dano cerebral sério. Cérebro de usuário crônico de 16 anos comparável a paciente de 70 com Alzheimer. Córtex do "prazer" atrofia com uso prolongado; receptores de dopamina danificados. Usuário precisa de mais droga para mesmo efeito. Com tempo, pode não sentir prazer algum quando receptores destruídos. Cérebro pode regenerar após parar, mas processo lento e pode nunca voltar ao normal.
Dano a órgãos internos, principalmente coração e fígado. Coração de usuário sob constante esforço quando droga no sistema. Metanfetamina acelera coração muito acima do normal; eventualmente pode falhar. Pulmões afetados adversamente se fumada; dano mais severo que cigarro. Fígado não processa toxinas corretamente; com tempo endurece, adoece e falha.