O médico avalia vários fatores para definir a conduta: causa da neutropenia, presença de infecções, gravidade do quadro, estado geral de saúde e sintomas específicos.
Se houver infecção, são prescritos antibióticos ou antifúngicos conforme o agente causador. Medicamentos comuns incluem ceftazidima (Fortaz), ciprofloxacino (Cipro), anfotericina B (Amphocin, Fungizone, Ambisome).
Nos casos mais graves, podem ser usados fatores de crescimento como G-CSF (filgrastim) ou transfusão de granulócitos (tipo de glóbulo branco).
Quando a atividade imune anômala destrói os glóbulos brancos, podem ser indicados corticosteroides ou imunoglobulina intravenosa para proteger contra infecções.