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Já vi a palavra profilaxia ser usada como verbo em Profilaxiamos as tropas contra a meningite, aplicando-lhes vacinas. É apropriado usar verbo?

A palavra "profilaxia" não é um verbo. A forma verbal correta é “profilática”. A frase que você forneceu deveria ser escrita como:"Vacinamos profilaticamente as tropas contra a meningite".