Bactérias anaeróbias não precisam nem usam oxigênio como nutriente. Existem três tipos de bactérias anaeróbias: anaeróbias obrigatórias, anaeróbias facultativas e anaeróbias aerotolerantes.
Anaeróbias obrigatórias vivem por fermentação (energia da oxidação parcial de composto orgânico), respiração anaeróbia (respiração que não usa oxigênio como aceptor final de elétrons), fotossíntese bacteriana (fonte de energia é luz), ou metanogênese (hidrogênio é fonte de energia e metano é produzido) e oxigênio é tóxico para elas.
Anaeróbias facultativas podem alternar entre metabolismo aeróbio e anaeróbio.
Anaeróbias aerotolerantes vivem por fermentação, mas oxigênio não é tóxico para elas.
Cólera, difteria, antraz, tétano, gengivite, peste pneumônica, doença de Lyme, febre de Malta, shigelose, inflamação intestinal, abscessos, meningite, cancroide, doença periodontal, inflamação gengival, botulismo, infecção vaginal por levedura, peritonite, septicemia e infecção de ferida podem ser causadas por infecção bacteriana anaeróbia.
Infecções bacterianas anaeróbias frequentemente respondem a tratamento com antibióticos do tipo lincomicina como clindamicina.