Como os nitratos não podem ser vistos ou saboreados, é impossível detetá-los sem análise química. A maior parte da contaminação por nitratos provém de poços de água privados, por isso a água de poços deve ser testada por um laboratório certificado ou departamento de saúde local. Amostras de água são recolhidas em recipientes plásticos esterilizados na fonte e no ponto de saída, como uma torneira. Se o teste revelar que a amostra contém mais de 10 mg por litro de nitrato, tratamento é necessário. Podem haver variações sazonais devido a flutuações nas águas subterrâneas, por isso testes ao longo do ano são recomendados.
Mesmo que o nitrato seja importante, demasiado na água potável pode causar doença sanguínea chamada metaemoglobinemia em humanos, especialmente em lactentes. O ácido no estômago de um bebé converte o nitrato da água em nitrito, que passa para a corrente sanguínea, onde transforma a hemoglobina em metaemoglobina. A metaemoglobina não consegue transportar oxigénio adequadamente como a hemoglobina. A falta de oxigénio suficiente pode causar danos cerebrais ou morte.
A análise da água é feita para determinar se a água tem níveis aceitáveis de nitrato. Segundo os padrões de água potável da Agência de Proteção Ambiental (EPA), um nível de 45 mg por litro de nitrato é o máximo permitido.
A contaminação por nitratos ocorre quando substâncias contendo nitratos entram nas águas subterrâneas. Fertilizante é a principal causa de contaminação por nitratos, bem como resíduos de gado. Assim, quaisquer poços localizados muito perto ou a jusante de culturas, currais de gado, grandes áreas residenciais onde se usa fertilizante ou fábricas de fertilizantes têm boa probabilidade de ficar contaminados. Por esta razão, poços de água subterrânea devem ser sempre posicionados a montante e o mais longe possível destes locais. Quaisquer poços abandonados devem ser selados e tampados para impedir que poluentes entrem no poço. Fertilizantes com alto teor de nitrato devem ser usados com parcimónia.
Se a análise detetar níveis elevados de nitratos num abastecimento de água, algum tipo de tratamento é necessário. Possíveis métodos de tratamento incluem diluição, destilação ou osmose inversa. A destilação ferve a água, deixando o nitrato para trás. A osmose inversa empurra a água através de uma membrana especial que só permite a passagem de moléculas de água. Se possível, diluir uma fonte de água poderia espalhar os nitratos para níveis permitidos, no entanto, este método seria muito difícil.