Como outras áreas, deserto sofre problemas ambientais que ameaçam e podem extinguir espécies nativas de plantas/animais e perder habitats sensíveis. Expansão humana em áreas inabitadas, às vezes trazendo operações industriais a ecossistemas desérticos, causa problemas. Remédios buscam reverter danos e proteger ambientes desérticos.
Muitas plantas nativas de biomas desérticos ameaçadas, algumas extintas. Espécies ameaçadas: sálvia roxa, coelho remoto, fleabane de ovelha, prímula noturna de Cane Spring. Pastoreio, cianeto de potássio em mineração de ouro, irrigação que adiciona muito sal ao solo → perda de vida vegetal. Soluções: proteger áreas de pastoreio, métodos alternativos de mineração, usar água existente mais eficientemente para melhorar solo. Plantar leguminosas que liberam nitrogênio no solo aumenta fertilidade; rotação de culturas protege solo frágil.
Mesmos problemas das plantas afetam animais: pastoreio destrói alimento/habitat nativo; cianeto de potássio e depósito de lixo nuclear envenenam fauna. Esforços de conservação dividem desertos em zonas protegendo milhões de acres de uso comercial, limitando acesso a não motorizado. Áreas permitindo mineração, pastoreio, recreação, energia, utilidades exigem reparação de danos pelos usuários. EUA estabeleceu refúgios de vida selvagem em desertos com espécies ameaçadas: tartaruga do deserto, peixe Pahrump, morcego orelhudo de Townsend, morcego manchado, gavião ferruginoso, coruja tocaieira, morcego myotis. Após cuidados no Desert National Wildlife Refuge (Nevada), falcão peregrino e águia careca saíram da lista de ameaçadas.
Incêndios, seca e atividades humanas alteram habitats → perda de ambiente natural. Arbustos/árvores de crescimento lento que queimam são substituídos por grama de crescimento rápido; seca elimina poços naturais que sustentam vida. Uso comercial/recreativo danifica habitats. Soluções: plantar arbustos/árvores fixadoras de areia, zonar áreas proibindo atividades humanas (veículos off-road, testes nucleares), cavar valas estreitas para capturar chuva e sementes.