Iniciada nos anos 1600, a Grã-Bretanha implementou a prática dos London Bills of Mortality, sistema de codificação que atribuía número a cadáver para descrever causa da morte. Objetivo: detectar início de epidemias de peste. O International Statistic Institute padronizou em 1893 como Classificação Bertillon, rapidamente adotada por vários países.
A Organização Mundial da Saúde emitiu documento global codificando todas doenças, lesões e mortes em 1949, publicando o Manual of the International Classification of Diseases, Injuries and Causes of Death, hoje conhecido como sistema ICD.
Originalmente voluntária, a codificação médica tornou-se obrigatória nos EUA em 1996 com o Health Insurance Portability and Accountability Act (HIPAA), exigindo total privacidade de informações dos pacientes. Hoje, o sistema dos EUA usa Current Procedural Terminology para serviços ambulatoriais e Medicare/Medicaid para itens não-médicos. O sistema Diagnosis-Related Group define reembolso para hospitalização.