Fundado em 1922 quando duas freiras das Missionárias Franciscanas de Maria conheceram o proprietário da Munson Steamship Lines, que doou uma casa e 15 acres de terra.
Originalmente conhecido como Elderfields, servia como acampamento de verão para crianças de áreas urbanas. Em 1936, a pedido de hospital do Brooklyn, as irmãs acolheram 12 crianças necessitando cuidado reumático.
As irmãs acolheram mais crianças e Elderfields tornou-se Hospital e Sanatório St. Francis para Crianças Cardíacas, assistido por doações da Fundação Martha Hall.
Em 1949, St. Francis era o maior hospital do país para cuidado cardíaco infantil. Em 1954, abriu para adultos. Nos anos 1960 e 70, gama de serviços médicos gerais foi adicionada.
Em 1979, St. Francis tornou-se o único centro cardíaco especificamente designado de Nova York. Nos anos 1980, recrutou especialistas cardiovasculares bem-conceituados.