Número ou concentração celular é dado crucial em pesquisa microbiológica e análise laboratorial. Procedimentos usam microscópios ópticos/eletrônicos; alguns requerem leitores de placa. Métodos mais usados: contagem direta, cultura e ensaios de repórter.
Método mais antigo: células individuais ampliadas no microscópio tornam-se visíveis. Microscópios de fluorescência avançados (refletem luz apenas de células "marcadas" quimicamente) facilitam a tarefa.
Para microrganismos unicelulares. Baseia-se em níveis visíveis de crescimento sob tempo, temperatura, oxigênio, nutrientes, pressão específicos. Após incubação, placas/pétri com culturas são contadas rapidamente por leitor de placa automatizado.
Para microrganismos unicelulares não necessariamente em crescimento, mas com atividade metabólica. Incluem colorimetria, impedância e ATP (trifosfato de adenosina). Colorimetria: mudanças de cor com corantes. Impedância: mudanças na condutividade elétrica do meio pelo metabolismo. ATP: reação bioluminescente intracelular dependente de níveis de ATP no meio.