A doença de Lyme avançada também é chamada de estágio 3 ou doença de Lyme crônica tardia.
Os sintomas variam no tempo: alguns aparecem semanas após a infecção, outros só após anos.
Dor e inchaço articulares consistentes com artrite, mesmo em quem nunca teve inflamação prévia. Joelhos são comumente afetados.
Dores musculares que vêm e vão em graus variados.
Dificuldade para dormir devido à dor pode indicar estágio 3.
Se não tratada precocemente, pode afetar o sistema nervoso: dificuldade de concentração, perda de memória e alterações cognitivas.