Bactérias patogênicas são cepas que possuem fatores de virulência (toxinas, adesinas, cápsulas, invasinas) que as permitem colonizar, evadir a imunidade e danificar os tecidos do hospedeiro. A patogenicidade é específica da cepa; muitas bactérias são comensais ou benéficas.
Exemplos: Staphylococcus aureus (mediado por toxina), Streptococcus pyogenes (proteína M, superantígenos), E. coli O157:H7 (toxina Shiga), Mycobacterium tuberculosis (sobrevivência intracelular).