Hi-C e Captura de Conformação Cromossômica: Técnicas para Arquitetura Genômica 3D

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Hi-C e Captura de Conformação Cromossômica: Técnicas para Arquitetura Genômica 3D

Tecnologias de Captura de Conformação Cromossômica (3C) mapeiam proximidade espacial de loci de DNA, revelando organização genômica 3D: domínios topologicamente associados (TADs), laços, compartimentos, contatos aumentador-promotor.

Principais Variantes

Método	Inovação Chave	Resolução/Escala	Melhor Para
Hi-C	Genoma-wide, ligação de fragmentos reticulados, NGS	1 kb – Mb (dependente da profundidade)	Arquitetura genoma-wide não tendenciosa
5C (3C-carbon copy)	Amplificação mediada por ligação de produtos 3C selecionados	Alta (direcionado)	Interações específicas de locus detalhadas
ChIA-PET	ChIP + 3C (centrado em proteína)	Genoma-wide	Laços mediados por TF/coesina/CTCF
HiChIP / PLAC-seq	ChIP + ligação de proximidade (menor entrada)	Genoma-wide	Interações direcionadas por proteína, menos células
Capture-C / Capture Hi-C	Sondas biotiniladas enriquecem loci alvo	Muito alta (direcionado)	Interatomas de promotor/aumentador
Micro-C	Digestão por MNase (resolução de nucleossomo)	~100 bp	Arquitetura em nível de nucleossomo
SPRITE / GAM	Sem ligação; split-pool ou fatiamento nuclear	Genoma-wide	Contatos multivias, sem viés de ligação

Insights Biológicos

TADs restringem comunicação aumentador-promotor.
CTCF/coesina medeiam extrusão de laços.
Compartimentos (A/B) correlacionam com cromatina ativa/repressiva.
Doença: Variantes estruturais interrompem TADs → sequestro de aumentador (ex.: malformações de membro, câncer).

A escolha depende da questão: genoma-wide vs. direcionado, centrado em proteína vs. não tendencioso, resolução vs. produtividade.