Os incas realizavam trepanação — um procedimento cirúrgico envolvendo perfuração ou raspagem de buracos no crânio — para aliviar a pressão intracraniana de traumatismos cranianos, infecções ou outras condições neurológicas. Evidências arqueológicas mostram taxas de sobrevivência notavelmente altas, com muitos crânios exibindo cura óssea ao redor dos locais de trepanação. Além da necessidade médica, o procedimento também tinha significado ritual e religioso, possivelmente relacionado à libertação de espíritos malignos ou ao aprimoramento da consciência espiritual.
Os incas praticavam alongamento deliberado do lóbulo da orelha usando plugs ou bobinas progressivamente maiores feitos de ouro, prata, madeira ou osso. Essa forma de modificação cosmética sinalizava nobreza, beleza e posição social. Homens e mulheres das classes elites usavam esses adornos, com o tamanho e material dos plugs indicando a posição. A prática demonstra compreensão sofisticada dos princípios de expansão tecidual séculos antes da cirurgia reconstrutiva moderna.
Os curandeiros incas (hampicamayoc) mantinham extenso conhecimento de plantas medicinais, desenvolvendo um sistema médico formalizado transmitido de geração em geração. Remédios principais incluíam:
Esse conhecimento herbal foi integrado com práticas diagnósticas, terapia dietética e cura espiritual, formando uma tradição médica holística que impressionou os cronistas espanhóis iniciais.