Pagão vem do latim "habitante do campo", "civil" ou "forasteiro", designações pejorativas historicamente usadas por cristãos para ridicularizar quem mantinha crenças religiosas ultrapassadas. Crenças pagãs variam desde Druidismo, ou crenças celtas antigas, Wicca, ou crenças celtas europeias antigas, até Neopaganismo, adeptos de religiões antigas romana, nórdica, egípcia e grega. O uso de cristais nestas diferentes crenças pagãs é semelhante.
Primeiros usuários de cristais em crenças pagãs foram os Druidas. Usavam cristais para adivinhação. Observação de cristal, ou escrutinação (scrying), era prática espiritual na qual objetos eram vistos nos cristais com significado especial. Cristais usados para prever futuro.
Usos de cristais na Wicca têm principalmente a ver com cura. Gemas acreditam-se ter poderes especiais, então usadas em todo tipo de rituais e colocadas em altares especiais para irradiar cura. Também usadas como cristais de escrutinação nos quais objetos podem ser vistos com significado significativo.
Pagãos egípcios antigos usavam cristais para cura do corpo. Cristais usados para expulsar energia negativa. Chakras do corpo, sete pontos de poder específicos no corpo, podem carregar energia negativa, então cristais usados para libertar esta. Cristais também usados como talismãs, objetos para proteger indivíduo de mal ou doença.
Uso de cristais pelos antigos nórdicos eram pedras rúnicas, pedras mágicas com símbolos usadas para prever futuro ou lançar luz sobre algum evento. Vikings alegavam ter usado cristais para guiar caminho em suas viagens. Luz refletida pelas pedras usada como luz guia.