Embora a origem exata da AIDS, ou do vírus que a causa (HIV), nunca tenha sido determinada conclusivamente, os cientistas conseguiram rastreá-la até chimpanzés. A produção das vacinas contra poliomielite e hepatite B também foram levantadas como teorias sobre como o HIV se espalhou.
Foi apenas em 1981 que o primeiro caso de AIDS foi relatado nos Estados Unidos. Embora ainda não fosse chamado de "AIDS", homens gays de Nova York a Califórnia apareciam em hospitais com infecções oportunistas e cânceres intratáveis devido a sistemas imunológicos debilitados. O vírus da imunodeficiência humana (HIV) foi descoberto como a causa três anos depois, pelo Dr. Luc Montagnier do Instituto Pasteur em Paris e pelo Dr. Anthony Gallo do Instituto Nacional do Câncer em Washington.
Uma vez descoberto que o HIV fazia parte de uma família de lentivírus, ou "vírus lentos", que atacam o sistema imunológico, os cientistas puderam vinculá-lo concretamente ao vírus da imunodeficiência símia (SIV) em chimpanzés. Aceita-se que o HIV descende do SIV prevalente em chimpanzés da África centro-oeste.
Em 1999, a Dra. Beatrice Hahn da Universidade do Alabama em Birmingham, Paul Sharp da Universidade de Nottingham e sua equipe descobriram que duas cepas separadas de SIV infectaram chimpanzés selvagens, realizando "sexo viral" dentro de seus sistemas para formar um terceiro vírus capaz de infectar humanos: o HIV, causador da AIDS. Como os humanos são tecnicamente animais, evoluídos a partir de chimpanzés, somos suscetíveis à transferência viral.
Cientistas acreditam que um humano foi infectado com HIV no Congo africano em 1959. Seu sangue foi armazenado por décadas e testado quando a AIDS se tornou conhecida. A teoria permanece de que uma mordida de chimpanzé ou a ingestão de carne de chimpanzé infectada com SIV ("Teoria do Caçador") infectou o "Paciente Zero" com SIV, que então se adaptou em HIV.
Uma vacina oral contra poliomielite, chamada Chat, foi distribuída a moradores do Congo, Ruanda e Urundi no final dos anos 1950. O jornalista Edward Hooper alega que o Chat, cultivado em células renais de chimpanzé, se infectou com SIV, levando à adaptação para HIV em humanos. Essa teoria é criticada pois a administração oral da vacina não a faria entrar na corrente sanguínea para causar infecção.
Há céticos que mantêm a crença de que o HIV é artificial, fabricado para guerra biológica com o intuito de dizimar comunidades negras e homossexuais. O vetor de infecção nessa teoria da conspiração seria a vacina contra hepatite B, testada primeiro em Nova York entre homens gays e em vilarejos da África Central entre 1972 e 1974. Embora a base para tal teoria seja mera especulação, chimpanzés foram usados como primeiros cobaias e, como poderiam conter vírus como o SIV, as vacinas contra hepatite B poderiam ter se contaminado.