Gestão descentralizada de prontuários pode significar que registros são armazenados e mantidos por provedor de saúde, não por agência central (ex.: secretaria pública de saúde). Também pode referir-se a sistema de gestão de documentos dentro de um escritório, onde armários ficam perto da mesa de funcionário específico, não em sala central. Embora muitos profissionais defendam sistema centralizado, a descentralização tem vantagens.
Prontuários descentralizados ficam mais perto dos consultórios, unidades, departamentos ou mesas de quem mais os manuseia, usa ou consulta. Funcionários acessam registros sem ir a área/departamento de armazenamento central. Economiza tempo e energia, aumentando produtividade.
Há receio sobre prontuários centralizados. Muitos se sentem desconfortáveis com todas informações de saúde centralizadas, pela incerteza sobre quem tem acesso autorizado. No modelo descentralizado, só quem tem negócio com os registros tem acesso a eles.
Prontuários descentralizados são, em geral, mais seguros contra violações. Uma violação em armazenamento central expõe todos os registros — seja armazenamento eletrônico ou físico. Embora descentralizados também sejam vulneráveis, uma violação não expõe a mesma extensão de responsabilidade, pois registros estão distribuídos.
Em sistema descentralizado, prontuários são prerrogativa dos provedores de saúde e funcionários que os gerenciam; podem ser armazenados e geridos como esses acharem melhor. Armazenamento centralizado exige métodos uniformes que podem não servir a todos os tipos de registros.