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Sobre Extração Magnética de ADN: Vantagens, Esferas Magnéticas e Custos

Introdução

Embora extração magnética não seja sempre o método ideal, tem vantagens distintas que a tornam eficaz situacionalmente sobre métodos antigos como extração com fenol, que requer processamento centrífugo repetido após cada aplicação química e muito mais tempo. Extração magnética é mais rápida porque depende da ligação de grupos funcionais específicos na superfície de esferas magnéticas revestidas e pode ser separada por íman simples (pode combinar com centrífuga, se desejado).

Esferas Magnéticas?

Conjuntos específicos de esferas magnéticas são empregues para extração de ADN. Como cada sistema (inclui processador mecânico para poupar trabalho) vem com a sua marca, use apenas esferas desenhadas para o sistema. Tamanho e revestimentos podem alterar resultados se usados em dispositivos diferentes, diminuindo credibilidade da investigação. Alternativas especialmente feitas podem aumentar erro experimental e devem ser divulgadas ao reportar resultados se o extrator não for feito para as suas esferas específicas.

Devo "Misturar e Combinar" Sistemas na Investigação?

Sistemas com várias esferas podem afetar resultados. Henderson et al. concluíram que, dos nove tipos testados, Dynabeads® DNA DIRECT™ da Invitrogen™ só captura ADN com tensão geometricamente torcida — retém apenas pedaços maiores de ADN. Além disso, ADN deve estar livre (em solução), o que exclui certas circunstâncias. Porém, é boa forma de separar ADN de alto peso molecular (pedaços grandes) de baixo peso molecular ("degradado", pequeno, fragmentado). Conclusão: cabe aos investigadores determinar como melhor usar as características destes produtos.

Por Que Usar Ímanes para Extração de ADN?

Este método pode complicar logisticamente, mas a maioria dos estudos com extração magnética ainda usa fenol como controlo e comparação, tipicamente mostrando melhoria em velocidade e precisão ao reduzir erro experimental através de automação. A abordagem magnética permite imobilização reversível automatizada, melhorando eficácia de fundos de investigação ao aumentar rendimento de ADN por corrida.

Revestimentos

Esferas magnéticas vêm em variedade de tipos: revestidas com anticorpos para um tipo de proteína, ou mais generalizadas com revestimentos de aminas, carboxilos ou outros grupos adequados. Uma vez que o revestimento químico no íman liga o químico em questão, os químicos ligados às esferas podem ser rapidamente removidos por íman simples.

O Tamanho Importa?

O tamanho afeta propriedades como tempo de ligação devido à área de superfície (aumenta em esferas menores). Vantagem de esferas menores: melhor suspensão, partículas mais finas dispersam-se mais facilmente. Micro-esferas são muito maiores (até 15.000x) que nano-esferas (muito mais caras).

Custos

Desvantagem: despesa considerável em nano-esferas — 5 mL podem custar >$400. Micro-esferas consideravelmente mais baratas (~1/3 do custo), mas trabalho mais lento.

Tubos de Centrífuga

Separadores magnéticos disponíveis que seguram tubos de centrífuga e permitem separação em massa em muitos tubos cheios de uma vez. Alguns suportam 24+ tubos, outros apenas dois. Íman tipicamente central nas versões multi-tubo, abaixo ou sob os tubos. Colocar tubos em centrífuga faz sentido pela alta densidade das esferas, ajudando separação magnética. Mais info na web ou fornecedor local.