Como os humanos, os animais precisam ser bem nutridos, ter um lugar seguro para viver e viver sem medo ou dor. No entanto, nem todos os animais são tratados assim, e alguns sofrem angústia, negligência ou abuso. Algumas questões de bem-estar animal são controversas, e alguns métodos de tratamento são controversos.
A indústria de peles é uma questão de bem-estar animal que é controversa. Muitos levantaram preocupação com as formas como os animais são tratados e mortos no processo de obtenção de peles. Fazendas de animais frequentemente usam eletrocussão dolorosa para evitar danificar a pele, por exemplo, segundo a American Humane Association. Animais selvagens nos Estados Unidos são frequentemente capturados em armadilhas de mandíbula de aço, onde podem permanecer por dias em dor extrema antes de morrer.
A dissecação em sala de aula é outra questão pela qual algumas pessoas levantam preocupação sobre o tratamento de animais. Alunos frequentemente usam amostras reais de sapos ou outras criaturas pequenas para abri-los após a morte, a fim de aprender sobre vários órgãos. Ambientalistas argumentam que a dissecação de sapos, por exemplo, é arcaica e só ensina os alunos sobre a anatomia de uma espécie. Enquanto isso, um animal deve sofrer e morrer no processo.
Muitos animais de estimação e de fazenda sofrem abuso e negligência. Um dono de animal pode bater em seu cachorro, por exemplo, se não gostar de um certo comportamento, potencialmente causando ferimentos graves no animal. Ou, um dono negligente pode alimentar o animal apenas uma vez por dia, ou até menos, devido à preguiça ou simplesmente não se importar com o bem-estar do animal.
Ambientalistas frequentemente apontam experimentos em laboratório como uma das principais questões de bem-estar animal. Camundongos, ratos, coelhos, cães e outros animais são frequentemente colocados em gaiolas em laboratórios para serem usados em testes de produtos farmacêuticos ou outros testes científicos. Ambientalistas argumentam que os procedimentos são cruéis, dolorosos e deveriam ser proibidos, enquanto os do outro lado afirmam que são necessários para avançar a medicina e a ciência.