Um ecossistema aquático é comunidade interdependente de plantas, animais e organismos subaquáticos. Encontrados em regiões marinhas e de água doce, fornecem funções valiosas: reciclagem de nutrientes, regeneração de água e habitats para vida selvagem. A saúde depende de equilíbrio cuidadoso de espécies e recursos, tornando-os altamente vulneráveis a riscos ambientais e antropogênicos.
Pesca excessiva representa grave risco. Greenpeace estima que em 2011 mais de 70% das pescarias mundiais estão exploradas ou significativamente esgotadas. Desequilibra espécies, causa mudanças negativas em hábitos alimentares e reprodutivos. Consequência da preferência humana por certos peixes: queda massiva de populações de espécies maiores (atum, peixe-espada, marlim) e aumento de peixes planctívoros. Globalmente, aumento de águas-vivas. Com predadores tradicionais morrendo, suas populações florescem.
Escoamento químico e contaminação da agricultura representam risco sério. Pesticidas contêm substâncias nocivas a plantas e animais, causam danos neurológicos e reprodutivos, alteram pH de climas sensíveis. Pesquisadores da Virginia State University estimam que EUA usam mais de 450.000 toneladas de pesticidas/ano, muito chegando a fontes hídricas. Mantêm que pesticidas causam mortandade em massa de milhares de espécies, não só peixes, mas sapos, tartarugas e aves aquáticas.
Causada quando combustão de químicos e combustíveis fósseis produz material particulado nocivo que retorna à terra como precipitação. Segundo EPA, chuva ácida devasta ecossistemas aquáticos alterando pH da água e introduzindo químicos tóxicos subaquáticos. Descreve como causando "cascata de efeitos que prejudicam ou matam peixes individuais, reduzem populações, eliminam espécies de um corpo d'água e diminuem biodiversidade".
Talvez o maior risco aos ecossistemas aquáticos sejam efeitos ambientais do aquecimento global antropogênico. Eleva temperatura dos oceanos, causa padrões climáticos alterados trazendo tempestades severas a algumas regiões e seca a outras. Mudanças de temperatura com seca e inundação danificam equilíbrio da vida aquática e ameaçam viabilidade de espécies sensíveis. Relatório de 2002 do Pew Center on Global Change alerta que sistemas costeiros críticos — wetlands, pântanos, recifes de coral — são os mais afetados. São entre os mais biodiversos do planeta, e sua deterioração impacta populações humanas que os usam para alimento e recreação.