Acidez medida na escala pH, representando concentração de íons de hidrogênio livres, átomos carregados responsáveis pela natureza ácida da água. Normalmente, riachos, córregos e lagos de água doce mantêm pH entre 6 e 8, ideal para maioria de peixes e anfíbios. Este pH também ótimo para eclosão de ovos de insetos, fonte de alimento para maioria dos animais nestes cursos d'água.
Diminuição de pH = aumento de acidez. Quando pH de sistema de água doce atinge 5, maioria dos animais não sobrevive ou reproduz. Segundo pesquisa da EPA, corpos de água doce tornam-se ácidos quando sistemas não conseguem tamponar (filtrar) chuva ácida e outros materiais que diminuem pH. Autores afirmam que mais de 1.000 lagos nos EUA >10 acres e milhares de km de riachos associados afetados por acidez. Condições ácidas responsáveis por cascata de eventos levando a mortandade massiva de peixes e, em alguns casos, eliminação de espécies inteiras.
Peixes jovens (juvenis) especialmente sensíveis a mudanças de pH. Quando pH atinge ~5, maioria não processa corretamente oxigênio e nutrientes essenciais. Neste pH, ovos não eclodem, declínio adicional de populações. Algumas espécies toleram pH mais baixo. Segundo EPA, mexilhões e caramujos morrem quando pH se aproxima de 6, efêmeras e lagostins sobrevivem em pH ~5. Robalo não sobrevive acidez 4, mas rãs aguentam até pH ligeiramente abaixo de 4.
Depósitos de metais pesados em margens de riachos aumentam acidez lixiviando material na água durante chuvas. Artigo na edição de novembro de 2007 de "Science of the Total Environment" investigou efeitos de pH do solo, matéria orgânica e cobre. Amostras de solo de local de despejo no Zimbábue, conhecido por depósitos de cobre que lixiviam. Amostras aleatórias mostraram que composto cloreto de oxicobre aumentou cobre na água 500 vezes. Altas concentrações deste metal de transição diretamente associadas a aumento de acidez.
Desde lei federal de 1972, enormes esforços para restaurar riachos e corpos de água doce. Estudo na edição de junho de 2004 de "Science of the Total Environment" documentou condição do Decker's Creek, Virgínia Ocidental, por 25 anos desde 1974. Autores analisaram pH de 29 locais poluídos por metais de mineração nas montanhas. pH melhorou em 1999-2000 devido a aplicação de leis de qualidade da água.