casa |  | Saúde e Doença >  | Indústria da Saúde | Cuidados de Longo Prazo

Como Converter Mapas CNS para Formato CCP4 usando MAPMAN

CNS (Crystallography and NMR System) e CCP4 (Collaborative Computational Project Number 4) são suites de software para biologia estrutural (difração de raios-X, RMN). Seus formatos de mapa de densidade eletrônica são incompatíveis. A conversão requer o programa MAPMAN (Uppsala Software Factory) via linha de comando.

Pré-requisitos

• MAPMAN instalado e no PATH do sistema.
• Arquivos de mapa CNS (extensão típica: .map, .xplor) com caminho completo conhecido.
• Conhecimento básico de terminal / prompt de comando.

Procedimento Passo a Passo

1. Abrir terminal / prompt de comando.
2. Executar mapman (inicia modo interativo) ou usar redirecionamento de entrada (script).
3. No prompt do MAPMAN (MAPMAN >), digitar comandos sequenciais:

READ M1 /caminho/completo/arquivo_1fofc.map CNS
READ M2 /caminho/completo/arquivo_2fofc.map CNS
* (adicionar READ M3, M4... para quantos mapas precisar)
WRITE M1 /caminho/saida/arquivo_1fofc.map CCP4
WRITE M2 /caminho/saida/arquivo_2fofc.map CCP4
QUIT

Notas:

• M1, M2... são slots de mapa na memória do MAPMAN (até 10).
• Substituir /caminho/completo/ e nomes de arquivo reais.
• Extensão .map é convenção; CCP4 usa .map ou .ccp4.
• O comando READ com keyword CNS informa o formato de entrada; WRITE ... CCP4 define formato de saída.

Alternativa: Script em Lote (Batch)

Criar arquivo convert.mapman:

READ M1 /dados/projeto/1fofc.map CNS
READ M2 /dados/projeto/2fofc.map CNS
WRITE M1 /dados/projeto/1fofc.ccp4 CCP4
WRITE M2 /dados/projeto/2fofc.ccp4 CCP4
QUIT

Executar: mapman < convert.mapman

Verificação

• Abrir mapas convertidos no CCP4 (ex: mapmask, cmap, Coot, PyMOL com plugin CCP4).
• Verificar headers (origem, grid, spacing) com mapdump ou sfcheck.

Dicas

• Se MAPMAN não reconhecer formato CNS, tentar converter primeiro para formato XPLOR (CNS usa formato XPLOR-like).
• Para mapas grandes, garantir RAM suficiente.
• Documentar parâmetros de conversão no caderno de laboratório / LIMS.