A conquista espanhola trouxe nenhum avanço médico à civilização Inca. Em vez disso, eles introduziram doenças epidêmicas – varíola, sarampo, tifo, influenza – às quais a população indígena não tinha imunidade. Estimativas de mortalidade variam de 50–90% dentro de décadas, causando colapso social muito além do impacto da violência direta.