A cromoterapia não é uma descoberta médica alternativa nova ou moderna. Originou-se na antiga Índia, Egito e Grécia, onde tratamentos com cores ajudavam a aliviar partes do corpo doentes e o estresse mental. Quando um médico expõe uma pessoa a cores, variadas velocidades de vibração e comprimentos de onda das cores trabalham para harmonizar corpo e mente. Praticantes modernos projetam luz colorida sobre todo o corpo ou áreas específicas usando uma lâmpada com filtro de cor. Para sinais de melhoria, os pacientes buscam tratamentos em intervalos regulares.
Segundo o site Colour Experience, civilizações antigas acreditavam que as cores nos espectros do fogo e da luz solar representavam um aspecto do divino. Os antigos egípcios, por exemplo, usavam minerais coloridos, pedras, cristais, pomadas e corantes como remédios. Segundo o site Alternatherapie, os textos Vedas, escritos por volta de 1500 a.C. como textos primários do Hinduísmo, mencionam a importância das cores para a cura.
Os antigos gregos acreditavam que os quatro elementos — terra, ar, fogo e água — representavam constituintes fundamentais do universo. Como a cor também era um fenómeno natural — arco-íris refletidos através de gotas de chuva prismáticas, diferentes tons de luz solar — as cores também mereciam atenção espiritual. Os gregos faziam vestimentas, óleos, pomadas e unguentos coloridos para tratar doenças.
Um discípulo de Aristóteles, o médico persa Avicena (980-1037), fez avanços significativos em técnicas de cura usando cores. No seu Cânon da Medicina, escreveu sobre a importância crucial da cor no diagnóstico e tratamento de doenças. Avicena observou que a cor é um sintoma observável de doença e desenvolveu um gráfico correlacionando cores específicas ao temperamento e ao corpo físico. Também alertou sobre os perigos de certas cores: observou que uma pessoa com sangramento nasal não deve olhar diretamente para luz vermelha brilhante, pois isso faria mais sangue fluir.
Um conhecido curandeiro na Idade Média, o botânico e médico suíço Paracelso (1493-1541), considerava tratamentos de luz e cor vitais para a boa saúde. Mas durante a Idade Média, drogas, medicamentos e tratamentos como cirurgia e antissépticos empurraram a cromoterapia para segundo plano. Os tratamentos de cor não voltaram a ser populares até o século XIX, mas ainda não na América do Norte. Na Índia, tratamentos como Ayurveda, Unani, Homeopatia e Alopatia tornaram-se populares e eficazes; as pessoas afastaram-se da cromoterapia como tratamento eficaz.
Em 1876, Augustus Pleasanton, general americano durante a Guerra Civil Americana, redescobriu a significância da luz como tratamento. No seu livro "The Influence of the Blue Ray of the Sunlight", Pleasanton teorizou que os comprimentos de onda azuis do sol são especialmente influentes no crescimento de plantas e animais. Notou seus efeitos na saúde humana e na eliminação de doenças. Embora a teoria seja considerada pseudocientífica, é frequentemente citada como a origem da cromoterapia moderna, pelo menos nos EUA.
No século XIX, o americano Edwin Babbitt criou uma teoria mais baseada cientificamente sobre cura pela cor. Babbitt descobriu, como o antigo médico persa Avicena, que o vermelho estimula o fluxo sanguíneo. Também identificou o amarelo e laranja como estimulantes nervosos e que o azul e violeta desencadeiam ação anti-inflamatória. O trabalho de Babbitt popularizou a cromoterapia na América e pela Europa.