Náusea, azia e dor de estômago foram relatados como efeitos colaterais do CoQ10, mas estes são geralmente leves e desaparecem sem necessidade de tratamento.
Algumas pessoas relataram diminuição do apetite ao tomar CoQ10. A redução do apetite pode ser prejudicial para pacientes que estão abaixo do peso ou sofrem de desnutrição.
Muitas formas de tratamento de câncer dependem de radicais livres para destruir células cancerígenas. Antioxidantes protegem o corpo de danos causados por radicais livres, mas podem inadvertidamente reduzir a eficácia da quimioterapia.
Doses grandes de CoQ10 podem, teoricamente, danificar o fígado e tecidos circundantes. Pessoas com doenças hepáticas devem discutir CoQ10 com seus médicos antes de tomá-lo.
Os efeitos do CoQ10 na gravidez e lactação ainda não são compreendidos. Mulheres grávidas e amamentando são aconselhadas a evitar suplementos de CoQ10, a menos que orientadas de outra forma por um médico.